Topkapı Sarayı’nın dış avlusunda ve Sur-u Sultani’nin içinde yer alan Aya İrini Kilisesi -Hagia Eirene(Kutsal Barış) Kilisesi,I.Justinianus (527-565) zamanında inşaa edilmiştir.Yapının bulunduğu yerdeki ilk  Aya İrini Kilisesi ise IV.yüzyılın başlarında, İmparator Konstantin zamanında,Roma döneminden kalma bir mabedin üzerine yapılmıştır. Bu ilk kilise,532 deki Nika isyanında yanınca,İmparator I.Justinianus Ayasofya ile beraber Aya İrini’yi de yeniden inşa ettirmiştir.Kilise,İstanbul’da bulunan en eski Bizans kilisesi olması yanında, Ayasofya’dan sonraki en büyük Bizans kilisesidir.

İlk devir Bizans Mimarisi özelliklerini gösteren kilisenin,zemini üç nefli bir bazilika,üst katı ise kapalı Yunan haçı planındadır.100 x 32m. lik ölçüsüyle devrinin en büyük yapılarından biri olan Aya İrini’nin,orta mekanının üzeri 15m. çapında,35 m. yüksekliğinde dört büyük fil payenin taşıdığı,içten yarım yuvarlak,dıştan ise yüksek kasnaklı bir kubbe ile örtülmüştür. Yapının ana kubbesinin yanında,narteksin üzerini örten basık ve yayvan tonoz diyebileceğimiz ikinci bir kubbesi daha vardır. Bu ikisinin dışında kalan yerlerin üzerleri tonozlarla örtülmüştür.

Orta mekanın iki yanında üst katta sütunların taşıdığı galeriler bulunmaktadır.Üst kattaki sütunların taşıyıcı özelliği bulunmamaktadır.Kilisenin apsisi, içeriden yarım daire şeklinde olup,dışarıdan üç cephelidir. Cephelerinde birer penceresi olan apsisin oldukça kalın duvarları arasına bir metre genişliğinde kemerli bir dehliz yerleştirilmiştir. Apsisdeki oturma kademeleri bu dehlizin üzerine oturtulmuştur. Ana mekandan beş kapıyla geçilen nartex bölümü,yanlara biraz taşkındır ve atriuma  beş kapıyla açılmaktadır.Atrium kısmı,Türk devrinde bir sıra revak eklenmesiyle daralmış,özgün durumunu kaybetmiştir.Yapıya giriş kuzey yönünde sonradan açılmış bir kapı ile sağlanmaktadır

588’deki konsil toplantısı bu kilisede yapılmıştır. 738 yılındaki depremde büyük zarar gören kilise tekrar onarılmış ve yapıya yeni ilaveler yapılmıştır. Bu tamir esnasında,kilisenin hemen hemen tüm tavanı ve apsisleri fresk ve mozaiklerle süslemiştir. İkonaklazma (726-843) devrinde bu fresk ve mozaikler sökülmüş;apsis yarım kubbesinin içindeki “Haç “ yapılmıştır.IX.yüzyılda yapı,bir deprem sonrası tekrar yenilenmiştir.

Bizanslıların patrikhane şapeli diye niteledikleri Aya İrini Kilisesi, İstanbul’un fethinden sonra camiye çevrilmediği için mimari açıdan pek değişmeden günümüze ulaşabilmiştir. Fetihten  sonra cephane olarak kullanılan kilise,III. Ahmet(1703-1730) döneminde ise Harbiye Nezaretinin silah ambarı olarak kullanılmıştır.Bu dönemde yapının  kuzey yönündeki bir kapısı üzerine de “Darü’l-esleha “( Silahhane) yazılı 1726 tarihli bir kitabe eklenmiştir.

Türkiye’deki ilk müze,Sultan Abdülmecit (1839-1861) zamanında,Tophane Müşiri Fethi Ahmet Paşa tarafından burada açılmıştır. Osmanlı İmparatorluğu’nun çeşitli yerlerinden gönderilen eserler Mecma-i Esliha-i Atika (Eski Silahlar Koleksiyonu) ve Mecma-i Asar-ı Atika (Eski Eserler Koleksiyonu) isimleri altında iki ayrı bölüm olarak Aya İrini’de toplanmıştır. 1869’da  yapıdaki arkeolojik eserler Çinili Köşk’e taşınmıştır.1908’de çeşitli tarihsel malzemenin depolanmasıyla,Aya İrini Kilisesi’nde yeni bir müze oluşturulmuş ;açılan bu müze 1949’a kadar Askeri Müze olarak hizmet vermiştir. Harbiye’deki Askeri Müze’nin açılışından Aya İrini Kilisesi boşaltılmış ve 1939 da Ayasofya Müzesine bağlanmıştır. 1958,1961 yıllarında da onarım geçiren yapının,1974-76 yılları arasında yapılan çalışmalarda,nemden arındırmak amacıyla çevresindeki toprak dolguları kaldırılmıştır.

Aya İrini,1983’den beri birçok sanat etkinliğine ev sahipliği yapmaktadır. Bu etkinlikler dışında yapı ziyaretçilere kapalıdır. Sadece,alınan özel izinle kilisenin içine girilebilmektedir.