Fatih Çarşamba’da, Katip Musluhittin Mahallesi’nde yer alan Mehmet Ağa Külliyesi, cami, tekke, türbe, hamam, darülhadis ve çeşmeden oluşmaktadır. Külliye 1585’de, III. Murat devrinde Darüssaade Ağası olan Habeşi Mehmet Ağa tarafından(ö.1590), Mimar Sinan’ın çıraklarından Davud Ağa’ya yaptırılmıştır. h.999(1590) tarihli vakfiyesi, Topkapı Sarayı’nda yeni eserler kütüphanesinde, 382 numarada Türkçe olarak kayıtlıdır. Külliye yapılarından darülhadis, günümüze ulaşamamıştır.

Etrafı duvarlarla çevrili üç kapılı bir avlunun ortasında yer alan cami, Mimar Davud Ağa’nın ilk eserlerinden biridir. Avluya açılan doğu kapısı üzerindeki, Nihadi’nin Türkçe kitabesine göre, yapı 1585’de yapılmıştır.

İç alanı 180m², avlu ve bahçesinin alanı 200m² olan cami, almaşık örgülü duvarlarla inşaa edilmiştir Beş gözlü, kubbeli son cemaat yerinin, sivri kemerleri kesme taştan, mukarnaslı başlıklı altı sütunu mermerdendir. İki küçük mihrabın  yer aldığı son cemaat yerinden, zarif, sütunlu, mukarnaslı mermer bir taç kapı ile harime girilir. Harimde taç kapı üzerinde, konsollara oturan, geometrik geçmeli korkuluğu olan bir balkon bulunur. Girişin sağında ve solunda, ağaç sütunlar üzerinde iki mahfil yer almaktadır. Taç kapının iki yanında bulunan birer mermer kapı ile de hanımlar mahfiline çıkılır.

Kare planlı harim, sekizgen tabana oturan 11m. çapındaki kubbe ile örtülmüştür. Kubbeyi taşıyan kemerler, sekiz adet duvar payesine oturmaktadır. Bu payelerden mihrap eksenindekiler kare kesitli, doğu ve batı duvarındakiler ise iri mukarnaslı başlıklı ve silindir gövdelidir. Ana kubbeyi,  dört köşesinde ve mihrap çıkıntısının üstünde yer alan beş yarım kubbe çevirmektedir. Ayrıca sekiz dayanaklı taşıyıcı sistem, kasnağı kuşatan daire kesitli sekiz ağırlık kulesi ile üst yapıda da devam ettirilmiştir.

Harim iki sıra pencere dizisiyle aydınlatılmıştır. Alttaki pencereler düz mermer söveli, sivri hafifletme kemerli ve demir parmaklıklıdır. Üsttekiler ise sivri kemerli ve revzenlidir. Kubbe kasnağında yer alan on altı pencere ve mihrap duvarına açılmış olan iki yuvarlak pencere ile beraber harimde toplam altmışaltı pencere bulunmaktadır. İki yanda birer sütun ile sınırlandırılmış, mukarnaslı yaşmaklı mermer mihrap, üçgen bir tepelik ile taçlandırılmıştır. Mermerden yapılmış olan minber, mukarnaslı ve geometrik geçmelidir. Ahşap vaaz kürsüsü yalındır.

Yapıda, görünümü zenginleştiren çini süslemeler kullanılmıştır. Son cemaat yerinde bulunan iki çini levhada, yazıların arasına gerçek renklerinde karanfil, lale, papatya, beyaz ve kırmızı güller yerleştirilmiştir. Levhalar önce ince mavi bir çerçeve ile sonra kırmızı, yeşil, mor, beyaz, siyah ve domates rengindeki çiçeklerden oluşan ikinci bir çerçeve ile çevrelenmiştir. Harimde alt kat pencerelerinin alınlıkları, mor zeminli çinilerle taçlandırılmış, mihrap iki yandan çini panolarla çevrilmiştir. İç mekanda görülen vazo halindeki çiniler, Takkeci İbrahim Efendi Cami’ndeki çinilerle benzerlik göstermektedir.  Sıraltı boyama tekniğiyle yapılmış olan bu çinilerden bazıları XVI.y.y.  İznik ve Kütahya çinileri, bazıları XVIII.y.y. Tekfur Sarayı çinileridir.

Mehmet Ağa’nın, parmaklıklarla harimden ayrılmış olan, 1584 veya 1591 tarihli vakıf kayıtlı, sadece medresesi ve darülhadisi müderrislerine açık olan kütüphanesi, 1914’de  Sultan Selim Kütüphanesi’ne, 1920’de Murat Molla Kütüphanesi’ne ve 1949’da Süleymaniye Kütüphanesi’ne naklolunmuştur.

Kuzeybatıda, harim ile son cemaat yerinin birleştiği noktada yer alan minare, kesme taştandır. Dikdörtgen kaide üzerinde çokgen kesitli gövdesiyle yükselen tek şerefeli minarenin, geometrik geçmeli şebeke korkuluklarının altı, mukarnas dolguludur. Külahı ise kurşun kaplıdır. Minareye hem harimden hem de son cemaat yerinden çıkılmaktadır.

Cami 1743’de ve1938’de tamir görmüştür. 1982’de Vakıflar İdaresi’nce gerçekleştirilen onarımda, son cemaat yerinin bazı sütunları değiştirilmiş ve sütunlar demir halkalarla sağlamlaştırılmıştır. 1980’lerin sonunda, olumsuz hava koşullarının yarattığı etkiler nedeniyle son cemaat yeri camekanla kapatılmıştır.

Caminin inşa kitabesinin bulunduğu doğu kapısının sağında, sivri kemerli, klasik üslupta yapılmış ve bugün harap durumda olan bir çeşme yer almaktadır.

Külliyenin mimari programı içinde başından beri mevcut olan tekke, fonksiyon açısından cami ile bir bütün teşkil etmektedir. 19.yy ortalarına kadar Halveti ve Bayrami tarikatları arasında birçok kez el değiştiren tekke, kısa bir süreliğine Kadiriliğe, son olarak da Halvetiliğin Sünbüli koluna bağlanmıştır. İlk şeyhi Yayabaşızade Şeyh Hızır Efendi(ö.1586) olan tekke, bu sebeple bazı kaynaklarda “Hızır İlyas Tekkesi” adı ile de geçmektedir. Cami dışında kalan tekke bölümlerinin 1894’de, II.Abdülhamit tarafından yenilendiği, bugün Amcazade Hüseyin Paşa Medresesi’nde (eski Türk İnşaat ve Sanat Eserleri Müzesi’nde ) bulunan ve manzum metni Bahai’ye ait olan, ta’lik hatlı kitabede belirtilmiştir. Tekke’nin söz konusu bölümlerinden günümüze hiçbir iz kalmamıştır.

Mehmet Ağa’nın, caminin güney doğusunda yer alan tek sandukalı sade türbesi, kesme taştan inşaa edilmiştir. Kare planlı yapının, köşeleri yuvarlak sütunlarla yumuşatılmıştır. Kubbesi sekizgen bir kasnak üzerine oturmaktadır. Sade, yuvarlak kemerli kapısını dikdörtgen bir silme çevirmektedir. Türbe, altta söveli ve demir parmaklıklı, üstte sivri kemerli ve revzenli iki sıra pencere ile aydınlatılmıştır. Yapının, bugün sadece kemer izleri mevcut olan ahşap çatılı revaklarıyla, harim bölümüne bağlandığı anlaşılmaktadır.

1586 tarihinde inşaa edilmiş olan ve caminin kuzeybatısında yer alan Mehmet Ağa Hamamı, çifte hamam olarak tasarlanmıştır. Bugün hala faal olan hamamın, Sarayağası Caddesi tarafında bulunan ve sonradan yapılmış olan külhanı yanındaki fabrika bacasına benzeyen büyük tuğla bacası, 1999 depreminden sonra yıkılmıştır.

Hamamın erkekler kısmının kapısına, sokaktan, ahşap tavanlı üzeri kiremit döşeli olan bir geçitle gelinir. Girişin ve cephenin çinilerle kaplanması sonucu özgünlük yitirilmiştir. Kapısının üzerinde Şair Nihadi Efendi’ye ait dört sıra halinde düzenlenmiş inşa kitabesi bulunur. Girişin sağında ve solunda, pencerelerinde demir parmaklıklar olan odacıklar yer almaktadır. Soyunmalık bölümü iki katlıdır ve tromplarla geçişin sağlandığı, büyük bir kubbeyle örtülmüştür. Çokgen bir kasnağa oturan kubbe, kirpi saçaklıdır. Zemini mermer kaplı olan bu bölümden ılıklığa açılan kapının sağında, ampir üslupta olan mermer bir kahve ocağı vardır. Kapının karşısında iki göz kubbeli keselik yer alır. Üstü düz tonozla örtülü bir koridorla buraya bağlanan, üç göz keselik daha bulunmaktadır. Ilıklık kapısının sol tarafında ise usturalık ve tuvalet bölümleri vardır. Altında sekiz yüklü bir göbek taşı bulunan sıcaklık bölümü, büyük bir kubbe ile örtülüdür. Sıcaklık kapısının sağında, üzeri düz tonozla örtülü, üç kurnalı bir sofa yer alır. Bu sofanın solunda tromplu kubbeli bir halvet, bunun solunda yine düz tonozla örtülü bir sofa ve sofanın solunda yine tromplu kubbeli bir halvet bulunmaktadır.

Hamamın sol tarafında yer alan kadınlar kısmı ise erkekler kısmının benzeri olarak tasarlanmıştır. Kare planlı soğukluk bölümünün üzeri tromplu bir kubbe ile örtülüdür. Çokgen kasnağa oturan kubbe kirpi saçaklıdır. Enine gelişen dikdörtgen planlı ılıklık bölümü, üç kısıma ayrılmıştır. Ortada kubbe yanlarda tonozlarla örtülü olan ılıklık bölümünün, sağ tarafında tuvalet bulunur. Soğukluktan ılıklığa geçilen kapının tam karşısında ise usturalık bölümü yer almaktadır. Ilıklığın sol tarafı, üç kurnanın bulunduğu sıcaklığa açılan bir sofa şeklindedir. Kubbe ile örtülü sıcaklık bölümü dört eyvanlıdır ve iki köşesinde kubbeli halvet hücreleri vardır.

Mimari açıdan hiçbir yenilik getirmeyen Mehmet Ağa Külliyesi, Mimar Davud Ağa’nın ilk eserlerinden biri olması ve camisinin Davud Ağa’nın en karakteristik yapılarından biri olması dolayısıyla önem taşır.