Gazanfer Ağa Medresesi, Fatih ilçesi Kırkçeşme Mahallesi’nde, Unkapanı ile Kadınlar Pazarı arasında, Atatürk Bulvarı üzerinde yer alır. Bozdoğan Su Kemeri’nin (http://www.degisti.com/index.php/archives/358 )  hemen bitişiğinde bulunan medrese, 1596 tarihli vakfiyesine göre, Davut Ağanın mimarbaşılığı zamanında 16 yüzyılın sonlarında inşaa edilmiştir.

Banisi, III Mehmet’in (1595-1603) kapı ağalarından ve Has Odabaşısı Gazanfer Ağadır Medrese, türbe ve sebilden meydana gelen külliyeye, zamanla küçük bir de hazire eklenmiştir. Girişteki ön avlunun karşısına medrese hücreleri, kuzeydoğu köşesine Gazanfer Ağa’nın türbesi, güneydoğu köşesine de dışarıya taşkın biçimde sebil yerleştirilmiştir. Avlu duvarı ile türbenin arasında ise hazire yer alır.

Gazanfer Ağa Medresesi Külliyesi, 16 yüzyılın sonlarında başlayan ve 17 yüzyılda sıkça görülen mimari programları küçültülmüş medrese ağırlıklı külliyelerin erken örneklerinden biridir Ön avlunun batısında yer alan medresenin avlusu, kare planlıdır. Kesme köfeki taşı ile inşa edilmiş yapının, batı yönündeki duvarları taş ve tuğla dizilerinden oluşturulmuştur. Medresenin doğu cephesinin ortasındaki kapı, basık kemerlidir. Baklava başlıklı on iki sütunun taşıdığı revaklar, pandantiflerle geçilen on altı kubbe ile örtülmüştür. Revakların arkasındaki giriş dışında, medrese U şeklinde on dört hücreden meydana gelmiştir. Güneybatı köşesine ise bir oda daha eklenmiştir.

Kare planlı, kubbeli hücrelerde de, kubbeye geçiş pandantiflerle sağlanmıştır. Bu odalar, birer kapı ve pencere ile avluya açılırlar. Avlunun kuzey ve güneyindeki odalar, ikişer üst pencere ile aydınlatılmıştır. Odaların içerisinde birer ocak nişi ile onun iki yanında da birer dolap nişi yer alır. Zeminden 0.50 m. yükseklikte ve dışarıya taşkın olarak yapılmış olan kare planlı dershane-mescit,  avluya iki renkli bir yay kemerle açılmaktadır. Dershanenin üzeri tromplu bir kubbe ile örtülmüştür. İkisi altta, üçü de üstte olmak üzere revaklara, altlı üstlü beşer pencere ile de arkadaki iç avluya açılmıştır. Dershanenin içerisinde biri mihrap nişi olmak üzere karşılıklı iki niş yer alır. Bu nişlerin yanında ayrıca birer dolap nişi de bulunur.

1782 yangınında tahrip olan medrese, muhtelif zamanlarda yapılan onarımlar sonucugünümüze iyi bir şekilde gelebilmiştir. 1943–1944 yılları arasında geçirdiği onarımından sonra Belediye Müzesi olarak kullanılan yapı, 1989’da Büyükşehir Belediyesi tarafından Karikatürcüler Derneği’ne kiralanmıştır. Günümüzde Karikatür ve Mizah Müzesi olarak hizmet veren Gazanfer Ağa Medresesi, son olarak 2009-2010 yıllarında kapsamlı bir restorasyon geçirmiştir.