Heybeliada Deniz Lisesi, Deniz Harp Okulu’na öğrenci yetiştiren, Milli Eğitim Bakanlığı’na bağlı, yabancı dil ağırlıklı liselerin fen bilimleri alanı programı uygulayan, askeri bir lisedir. ALS sınav aracılığıyla girilen lisede eğitim 2008-2009 öğretim yılından itibaren 5 yıla çıkarılmıştır.

 Bugünkü Deniz Harp Okulu’nun ve Deniz Lisesi’nin çekirdeğini oluşturan okul, 1773 yılında, Kaptan-ı Derya Cezayirli Hasan Paşa’nın girişimleriyle, Mühendishane-i Bahr-ı Hümayun adıyla, Kasımpaşa(http://www.degisti.com/index.php/archives/7702) Tersanesi’nde kurulmuştur. XVIII. yüzyıla kadar babadan oğula geçen denizcilik mesleği, böylece bilimsel bir nitelik kazanmıştır.

1782-1783 yıllarında donanmanın yeni ihtiyaçları dolayısıyla Hasan Paşa tarafından, Camialtı’nda yeni bir Mühendishane binası yaptırılmış ve bu okul 1795’de, Halıcıoğlu’ndaki Kara Mühendishanesi Mühensihane-i Amire ile birleştirilmiştir. 1834’de, giderek artan öğrenci sayısının bir bölümünü oluşturan Gemi Seyir kısmı, II.Mahmut’un Heybeliada’da(http://www.degisti.com/index.php/archives/5235) yaptırdığı, Kalyoncu Kışlası’na nakledilmiştir. Daha sonra bugün Kasımpaşa Deniz Hastanesi’nin bulunduğu yerdeki, Cezayirli Gazi Hasan Paşa Konağı satın alınmış; burada 400 öğrenci kapasiteli yeni bir Deniz Mühendishanesi yapılarak(1838), tüm okulun yeniden bir arada eğitim ve öğretime başlaması sağlanmıştır.

Tanzimat Fermanı’ndan sonra 1839’da,okulun adı Mekteb-i Bahriye-i Şahane olarak değiştirilmiş, ders programında da bazı yeniliklere gidilmiştir. Okulun kesin olarak Heybeliada’ya konuşlanması, 1851-1852 eğitim yılında gerçekleşmiştir. 1853’de, okulda 4 sınıflı idadi bölümleri açılmış, 1924‘de “Eğitim Birliği Yasası”nın kabulüyle okul, Deniz Lisesi ve Harp Okulu olarak iki kısma ayrılmıştır. 1928 yılında okulun adı “Deniz Harp Okulu ve Deniz Lisesi Komutanlığı” olarak değiştirilmiştir.

Okul II.Dünya Savaşı yıllarında, eğitim ve  öğretim faaliyetlerine Mersin’de devam etmiş; 1946-1947 tarihinde tekrar Heybeliada’ya dönülmüştür. Deniz Lisesi, 1963’de Deniz Harp Okulu’ndan ayrılmış; 1963-1964 eğitim yılında, Deniz Eğitim Komutanlığı’na ait binanın bir bölümünde öğretime başlamıştır. Bu bina 1971 yılında Deniz Lisesi Komutanlığı’na bırakılmıştır. Deniz Harp Okulu’nun 1985’de Tuzla Kampüsü’ne taşınmasından sonra Deniz Lisesi 1985-1986 eğitim yılıyla birlikte, Deniz Harp Okulu’ndan boşalan tarihi tesislerde eğitim öğretime başlamıştır.

1999 depreminden sonra yeniden yapılanma sürecine giren Deniz Lisesi Komutanlığı, Yukarı Okul binalarına taşınmış ve 2001-2002 Eğitim-Öğretim Yılı’ndan itibaren Lise sınıfları Yukarı Okul’da, Hazırlık Sınıfı ise Aşağı Okul’da eğitim-öğretim faaliyetlerine devam etmiştir. Yine bu tarihte, Aşağı Kompleks’de başlayan inşaat faaliyetleriyle, Öğretim Başkanlığı ve Öğrenci Yemekhane-Yatakhane binaları yeniden yapılmış ve 8 Ocak 2004 tarihinde hizmete girmiştir. Bu tesislerin açılması ile birlikte Lise sınıfları Aşağı Okul’da, Hazırlık Sınıfı Yukarı Okul’da olmak üzere eğitim-öğretim faaliyetleri sürdürülmüştür.

2005-2006 yılında yapılan düzenlemelerle Hazırlık Sınıfı kaldırılmış, 9. Sınıf Yukarı Okul binalarında, diğer sınıflar Aşağı Okul binalarında eğitim-öğretim faaliyetlerini sürdürmüşlerdir. 2008-2009 yılı itibariyle Hazırlık Sınıfı tekrar açılınca, Hazırlık ve IX/S Yukarı Okul, X-XI-XII/S Aşağı Okul binalarında eğitim-öğretim faaliyetlerine başlamıştır.

Deniz Lisesi Komutanlığı bünyesindeki okul müzesi ise 1994 yılında kurulmuş; 2008 yılında yapılan kapsamlı bir restorasyon ile hem büyütülmüş, hem de obje sayısı bakımından zenginleştirilmiştir. Bu müzeyle, Deniz Harp Okulu ve Deniz Lisesi komutanlıklarının köklü ve zengin tarihi gözler önüne serilmektedir.