Zeyrek Camii(Pantokrator Manastırı Kilisesi), Fatih ilçesi’ne bağlı Zeyrek’de, Sinanağa Mahallesi İbadethane Sokağı’nda, Haliç’e hakim bir set üzerinde  yer alan, Orta Bizans dönemine ait dini bir yapıdır. II. İoannes Komneneos (1118-1143)’un ilk eşi ve Macar Kralı Laszlo’nun kızı Eirene tarafından 1118 yılında inşaasına başlanmış olan kilise, İmparatoriçe Eirene’nin ölümünden sonra İoannes tarafından 1136’da bitirilmiştir.

Mimarının Nikeforos olduğu sütun başlıklarındaki monoğramlardan anlaşılmaktadır. Zeyrek Kilise Camii, Ayasofya’dan sonra İstanbul’da ayakta kalan en büyük kilisedir.

Kraliçe Eirene tarafından başlatılan manastır kompleksinde, önce güney kilise tamamlanmış, sonra kuzey bölümü eklenmiştir. Proje bitmeden ölen kraliçenin, iki kilisenin arasına gömülmesiyle, ortada, imparatorluk ailesine ait bir mezar şapeli yaratılmıştır. Daha sonra, İmparator II.İoannes, İmparator I. Manuel Komnenos’un eşi Sulzbachlı Bertha, İmparator V.Yannis Palaiologos  ve birçok yüksek rütbeli Bizanslı da bu mezarlığa gömülmüşlerdir. Manastırda bulunan, Kraliçe Eirene’nin fakir insanlara, düşkünlere yardım etmek için kurduğu yaşlılar evi, göz hastanesi gibi yapılar, 1455 e kadar işlevlerini sürdürmüşler ancak günümüze ulaşamamışlardır.

1204’deki  Latin istilasında manastıra Katolik rahipler tarafından el konulmuş; manastır ve kilise yağmalanmış, buradaki birçok kıymetli eşya Venedik’de San Marco Kilisesi’ne götürülmüştür. Bunun yanında manastır bir takım sürgünlere de sahne olmuştur. Örneğin, Ortodoks ve Katolik kiliselerinin birleştirilmesin karşı çıkan Patrik Gennadios Sholarios’u, son İmparator XI. Konstantin buraya sürgün etmiştir.  Fetih sonrasında manastır binaları bir medreseye çevrilmiş, medresenin ilk müderrisi Molla Zeyrek Mehmet Efendi olduğu için de yapı, Zeyrek Medresesi ve Cami olarak adlandırılmıştır. Fatih Camii’nin yapılmasıyla da buradaki öğrenciler Fatih Külliyesi’ndeki medreselere taşınmıştır. Öğrenciler ayrıldıktan sonra da, manastıra ait üç kilise, cami olarak kullanılmaya başlanmıştır. Günümüzde, yalnızca güney kısmı cami olarak kullanılmaktadır.

Bugün, Pantokrator Manastırı’ndan görünür bir iz ve kalıntı yoktur. Ama caminin çevresinde daha önceleri manastırın altında olduğu anlaşılan, değişik ölçülerde sarnıçlar mevcuttur. Zeyrek Camii’nin kapısı üzerindeki kitabede, 1118-1136 yılları arasında inşaa edildiği ve 1453 yılında da camiye çevrildiği yazmaktadır. Geçirdiği birçok depremden dolayı yapı, muhtelif zamanlarda onarım görmüştür.

Camii, beş kubbeli, tuğladan, birbirine bitişik üç yapıdan meydana gelmiştir. Güneydeki ilk yapılan kilisenin planı kapalı yunan haçı şeklindedir. Ana mekanın üstünü yüksek kasnaklı ve etrafında yuvarlak kemerli pencerelerin açıldığı bir kubbe örtmektedir. Orta mekanı dörde bölen dört sütun, 18.yy.da buraya gelen seyyahların yazdığına göre, kırmızı renkte porfirden imiş. Bugün bu sütunların yerini barok profilli, taş örme payeler almıştır. Bu payelerden kubbeye geçiş dört taraftan dört tonoz ile desteklenmektedir.

Aynı barok üslup mihrapta ve narteksin üst katındaki galeride de görülmektedir. Ortadaki ana apsis, içeriden yarım yuvarlak olup, dışarıya oldukça taşkındır ve yuvarlak sağır kemerle ve nişlerle hareketlendirilmiştir. Apsis’in iki tarafındaki küçük odaların birer küçük apsisi vardır. İç narteksten orta mekana giriş, üç kapı ile sağlanır. İç narteks ortada kubbe, yanlarda ise tonozlarla örtülmüştür. Apsis kısmında duvarlar renkli mermer levhalarla kaplanmıştır. Dış narteks görünümündeki kısım ise son cemaat yeri olarak Osmanlı döneminde ilave edilmiştir.

Ortadaki mezar şapeli olarak yapılan bölümün, üç kapısı vardır. Biri şapelin ana kapısı diğerleri ise iki yandaki kilise mekanlarına geçişi sağlayan kapılardır. Meryem’e ithaf edilmiş kuzeydeki kilise de kapalı yunan haçı planlıdır. Mimari özellikleri, güneydeki kilisenin daha küçük bir kopyasıdır. Bu kilisenin narteksi 1966-67 restorasyonu sırasında harabe halinde iken, başarılı bir çalışma ile yenilenmiştir. Caminin tek şerefeli bir minaresi vardır.

Yapı, 18.yüzyıl ortalarında büyük ölçüde tamir geçirmiş, bu arada kubbeleri  taşıyan sütunların yerlerine, bugün görülen Barok  üslubundaki  payeler  ile mihrap ve hünkar mahfili yapılmıştır. 1950’li yıllara doğru yine harap duruma düşen yapı, 1965-1970 yılında Vakıflar İdaresi tarafından restore edilmiş; bu restorasyon sırasında çürüyen ahşap döşeme kaldırılınca, süslemeli zemin işlemeleri meydana çıkmıştır.

1997-98 deki İTÜ.’nün yönettiği çalışmalar sırasında, kuzeydeki kilisenin çatı kaplamaları yenilenmek üzere kaldırıldığında, apsisi örten yarım kubbe ile doğu duvarı arasında bir grup amfora bulunmuştur.  Yapının harap durumdaki cephesinin  restorasyonuna, 2004 yılında UNESCO desteğiyle başlanmış,  2005   yılına kadar bu çalışmalar devam etmiştir. 2006 yılında yapılan son çalışma ise dış narteks kuzey cephesinde olmuştur.

Zeyrek Kilise Camii, etrafındaki ahşap yapılarla beraber, 1986 yılında UNESCO tarafından Dünya Mirası listesine alınmıştır. 1966’dan itibaren büyük ölçüde restore edilen yapı, günümüzde yeniden bakıma ve korunmaya muhtaç hale gelmiştir.